Фонд «ЯМЭФ» был учрежден в августе 2015 года решением Главного управления Министерства юстиции Российской Федерации по Республике Крым при содействии Совета министров РК и осуществляет свою деятельность при поддержке Администрации Президента РФ. Принимая во внимание успешный опыт проведения  ЯМЭФ 2015 года и с целью использования накопленных знаний и опыта, координации программной деятельности, работы с участниками и партнерами и поддержания высокого стандарта качества проведения мероприятия, было решено создать Фонд «ЯМЭФ» и проводить форум на ежегодной основе.

Основными задачами, которые ставит перед собой Фонд «ЯМЭФ», являются создание управляемой модели непрерывного систематизированного взаимодействия бизнеса и власти в наиболее актуальных областях интеграции Республики Крым в экономику Российской Федерации, разработка приоритетных направлений развития региона и обеспечение внедрения передовых практик и технологий для успешной реализации инвестиционных проектов на территории Крыма. Таким образом, основной миссией Фонда является содействие полноценной интеграции Крыма в состав России, укрепление и дальнейшей развитие инвестиционного и инновационного потенциала республики.

В своей деятельности Фонд «ЯМЭФ» также намерен активно поддерживать реализацию государственных программ Республики Крым. Особое значение имеет реализация масштабной федеральной целевой программы социально-экономического развития Республики Крым и города федерального значения Севастополь. Патронаж заключается в оказании консультационной, юридической, материальной помощи. В частности, Москва является патронатом города Севастополь. Это позволяет городам разрабатывать совместные программы в таких значимых сферах, как медицина, образование, транспортная и коммунальная инфраструктуры. Кроме того, факт патронажа Севастополя российской столицей должен давать больше уверенности для потенциальных инвесторов. Своей целью Фонд ЯМЭФ ставит проведение регулярных круглых столов, собирающих представителей регионов-патронатов и курируемых областей для установления устойчивого диалога и укрепления сотрудничества.

Фонд «ЯМЭФ» работает в тесном сотрудничестве с Советом министров Республики Крым.